Augstākās medicīniskās izglītības ieguvei 20. gs. sākumā latviešu jaunieši galvenokārt studēja Tērbatā, jo Rīgā universitātes nebija. Rīgai bija izdevīgs ģeogrāfiskais stāvoklis, iedzīvotāju skaits pieauga, līdz ar to pieauga arī slimnieku skaits. Slimnīcas bija labi iekārtotas, tomēr bija samērā maz ārstu. 1910. gadā, kad bija paredzēts paplašināt Tērbatas universitātes Medicīnas fakultāti, izvirzījās jautājums, vai nebūtu lietderīgi to pārcelt uz Rīgu. Ierosmei pretojās Tērbatas vācu aprindas, kas baidījās, ka Medicīnas fakultātei varētu sekot arī citas. Arī toreizējā Rīgas pārvalde, kurā bija samērā daudz vāciešu, šai idejai nepiekrita. Ar balsu vairākumu ierosinājumu noraidīja.

Tūdaļ pēc Latvijas Augstskolas (vēlākās Latvijas Universitātes) dibināšanas 1919. gadā izglītības ministrs K. Kasparsons lūdza grupu latviešu ārstu rūpēties par Medicīnas fakultātes izveidošanu. 1919. gada 28. augustā izveidotā subkomisija sanāca uz pirmo sēdi, kurā tika nolemts, ka MF jāuzsāk sava darbība.

Ja vecāko kursu studenti klīniskās zināšanas varēja apgūt slimnīcās, tad 1. un 2. kursa mediķu apmācīšana teorētiskajos priekšmetos bija jārada no jauna. Nebija telpu, iekārtu, docētāju. Pieņemot lēmumu par MF dibināšanu, subkomisija uzņēmās lielu atbildību. Nolēma, ka docētāji jākomplektē no latviešu speciālistiem, un tikai tajās disciplīnās, kur nebija latviešu speciālistu, nepieciešams tos uzaicināt no ārzemēm. Izveidojās MF kodols, un par pagaidu dekānu tika ievēlēts E. Zariņš. 1919. gada 11. septembrī notika pirmā oficiālā MF dekanāta sēde. Pārvarot sākotnējas grūtības, tika izveidota laikmetīga mācību un pētniecības bāze, medicīnu diferencējot zinātniskās disciplīnās un augstskolas mācību priekšmetos. Fakultāte darbību sāka ne tikai ar pirmo, bet arī ar vairākiem vecākiem kursiem, kuru studenti bija pārnākuši no citām augstskolām. Pirmais mācībspēku korpuss galvenokārt tika rekrutēts no Tērbatas un Maskavas Universitātes, kā arī Pēterpils Kara medicīnas akadēmijas absolventu vidus. Atsevišķi docētāji tika pieaicināti no Zviedrijas, Austrijas un ASV augstskolām.

1920. gadā MF piešķīra bijušā pareizticīgo semināra ēku Puškina (tagad Kronvalda) bulvārī 9. Šo ēku parasti sauca par Anatomikumu, jo tajā vispirms tika iekārtota Anatomijas katedra. Nākamajos gados Anatomikumā iekārtojās fizioloģijas un fizioloģiskās ķīmijas, vispārējās pataloģijas, higiēnas un mikrobioloģijas, un farmakoloģijas katedras. Izbūvēta dekāna kabinetu un kanceleju. Kopš 1928. gada fakultātes klīniskā pamatbāze bija Rīgas pilsētas 2. (tagad P. Stradiņa klīniskās universitātes) slimnīca. Studentu apmācība notika arī Rīgas pilsētas 1. slimnīcā, Sarkanā Krusta slimnīcā, Bērnu slimnīcā, Sarkankalna psihiatriskajā slimnīcā, pilsētas morgā Maskavas ielā u. c. 1920. gadā tika atvērta MF Zobārstniecības nodaļa, kuras vajadzībām tika pielāgota ēka Stabu ielā 9.

Gadiem ejot, LU MF klīnikas un katedras bija labi izveidotas un strādāja ar sekmēm. Pakāpeniski pieauga mācībspēku un to publicēto zinātnisko darbu skaits. Sākotnēji liela daļa mācībspēku bija Krievijas impērijas augstskolu absolventu absolventi, kas fakultātes iekārtojumā ienesa turienes tradīcijas (stingru katedru struktūru, profesoru ievēlēšanu gandrīz uz mūžu u. c.). Mācību plāni un kursu sistēma bija pārņemta no Krievijas universitātēm, tikai palēnām veicot nelielas pārmaiņas atbilstoši laikmeta prasībām – pārejot uz 6 gadu studijām 1922. gadā, atsakoties no lekcijām 6. kursa laikā 1930. gadā,diskutējot par priekšmetu sistēmu 30. gadu beigās. 30. gadu otrajā pusē, vecās paaudzes mācībspēkiem aizejot, fakultāte par klīniku un katedru vadītājiem ievēlējas jaunās paaudzes pārstāvjus, kas savu medicīnisko izglītību bija ieguvuši Rīgā.

Pirmā divdesmitgade ietvēra fakultātes veidošanos, stabilizāciju, attīstību un noslēdzās ar pirmo paaudžu maiņu. Starp fakultātes profesoriem bija divi LU rektori – oftalmologs Jānis Ruberts un internists Mārtiņš Zīle.

Pārmaiņu laiks, ko nesa padomju okupācija 1940. gadā, būtiski ietekmēja arī Medicīnas fakultāti. Padomju varai bija netīkams tradicionālās universitātes modelis, un jau 1941. gadā bija slepeni plāni veidot jaunu, no universitātes atdalītu medicīnas augstskolu, par ko liecina attiecīgā gada 4. jūnijā LKP CK biroja sēdē pieņemtais lēmums „Par Medicīnas institūta organizēšanu”. Šīs pārmaiņas netika īstenotas laika trūkuma dēļ.

Būtiskas pārmaiņas norisa kara beigās. MF darbība uz īsu brīdi apstājās, tā zaudēja vairākumu savu profesoru, pārējo mācībspēku, kā arī studentu. Daļa mācībspēku tika nomainīti, citi – represēti. Vairākas sekmīgi veidotās zinātniskās skolas neguva turpinājumu.

Uzreiz pēc kara Rīgas Medicīnas institūta izveidošana nebija reāli iespējama, jo vispirms nācās MF atjaunot. Atjaunošana norisa straujā tempā, pateicoties enerģiskajam dekānam profesoram Paulam Stradiņam. Sekoja milzīgs studentu pieplūdums. Absolventu skaitu ietekmēja pāreja no sešgadīgās uz padomju piecgadīgo ārstniecības studiju programmu 1945. gadā un atkal uz sešgadīgo 1947. gadā.

Tomēr 1946. gada LKP CK biroja sēdē fakultātei tika izteikta vissīvākā kritika, raksturojot mācībspēkus kā politiski neuzticamus, kā arī pārmetot darbiniekiem nepietiekamu kvalifikāciju. MF darbā tika iesaistīti mācībspēki no citiem PSRS reģioniem, kuri pakāpeniski ieņēma vadošus posteņus un līdz ar to Latvijā ieviesa padomju augstskolu tradīcijas un darba kārtību. 

Tā kā vācu varas laikā iegūtie diplomi pēc kara netika atzīti, eksāmenus nācās pārlikt vēlreiz, ko vairākums Latvijā palikušo arī tūlīt vai pēc kāda laika (pat pēc 1960. gada, atgriezušies no Sibīrijas) izdarīja, tādējādi divreiz absolvējot fakultāti. Parasti tas bija formāls process, jo bija jāpārliek labi zināmi priekšmeti, izņemot marksismu un ļeņinismu, kas augstskolu programmās bija nācis klāt papildus.

Pēc padomju augstskolu parauga 1949. gadā uz MF tika pārcelta līdz tam Ķīmijas fakultātes sastāvā esošā Farmācijas nodaļa.

Pēc vairākiem neveiksmīgiem mēģinājumiem panākt MF likvidēšanu un padomju režīmam lojālas iestādes izveidi, 1950. gada 10. jūnijā tika izdots PSRS Ministru padomes rīkojums par Rīgas Medicīnas institūta dibināšanu uz Latvijas Valsts Universitātes Medicīnas fakultātes bāzes. 

No 1920. līdz 1950. gadam LU MF bija absolvējuši 2058 ārsti, 752 zobārsti un stomatologi, 53 farmaceiti; kopā 2863 diplomēti speciālisti.

Līdz ar tautas atmodu un Latvijas Ārstu biedrības atjaunošanu 1988. gadā, sabiedrībā iecienītais profesora Ilmārs Lazovskis izvīrzīja ideju par medicīniskās izglītības pārveides nepieciešamību. Akadēmiskā sabiedrībā aizvien reālāka kļuva doma par MF atgriešanos LU sastāvā. Jaušamas pārmaiņas vēl nenotika, vien Rīgas Medicīnas institūts tika pārdēvēts par Latvijas Medicīnas akadēmiju (kopš 2002. gada – Rīgas Stradiņa universitāte).

Izmaiņas augstākajā medicīnas izglītībā sākās, saasinoties iekšējām pretrunām LMA, kur brīvi domājoši un demokrātiski noskaņoti mācībspēki izeju saskatīja domā par MF atjaunošanu LU. Domstarpības ar jauno akadēmijas vadību guva aizvien nepatīkamāku izpausmi, konkretizējoties ekonomiskos draudos un mācībspēku atbrīvošanā no darba nevis kompetences trūkuma, bet gan atšķirīgu uzskatu dēļ.

Par spīti riskam zaudēt iztiku, doc. Uldis Vikmanis nolēma apvienot nepamatoti atlaistos kolēģus, rodot domubiedrus darbam mūsdienīgu studiju programmu izveidē. Pirmā iniciatīvas grupas sēde notika 1997. gada 22. oktobrī. Īsā laikā tika sagatavota petīcija LU rektoram Jurim Zaķim „Par Medicīnas fakultātes atjaunošanas nepieciešamību Latvijas Universitātē”. Sekoja saruna ar rektoru, kuras gaitā viņš izteica atbalstu fakultātes atjaunošanā. LU Senāta komisiju principiāls atbalsts tika rasts 24. novembrī, savukārt MF atjaunošanai nozīmīgā LU Senāta sēde notika 1997. gada 27. decembrī. LU Senāts vienprātīgi pieņēma lēmumu Nr. 170 „Par Medicīnas fakultātes atjaunošanu Latvijas Universitātē”. Sākās intensīvs darbs, lai nākamā gada rudenī viss būtu sagatavots studiju sākumam. Ar LU rektora 1998. gada 2. februāra pavēli par fakultātes pagaidu dekānu tika iecelts U. Vikmanis.

Sekmīgi tika sagatavotas studiju programmas ārsta grāda iegūšanai, ko Senāts apstiprināja 1998. gada 23. martā. 1. jūnijā MF oficiāli uzsāka darbu, bet 15. jūlijā Latvijas Eksperimentālās un klīniskās medicīnas institūta Habilitācijas un promocijas padomē tika ievēlēti pirmie 13 profesori. Tika izveidots MF atjaunotnes fonds. Pēc tam budžeta grupā tika uzņemti pirmie 30 studenti. MF atjaunošanas svinīgā sēde notika 1998. gada 4. septembrī LU Lielajā aulā un 7. septembrī fakultātē jau sākās mācību darbs. Tā kā studiju sākumposmā tiek apgūti vispārizglītojoši priekšmeti (bioloģija, ķīmija, fizika, valodas), to docēšanu uzņēmās atbilstīgas LU fakultātes, bet MF sāka apmācību cilvēka anatomijā. Līdztekus norisinājās fakultātes organizatoriskās struktūras izveide. 15. septembrī tika izveidota fakultātes dome 18 cilvēku sastāvā, par priekšsēdētāju ievēlot prof. Māri Baltiņu un par sekretāru – prof. Arni Vīksnu. Domes 23. decembra sēdē par dekānu vienprātīgi tika ievēlēts prof. Uldis Vikmanis, kas Iīdz tam pildīja pagaidu dekāna pienākumus. 

Klīnisko priekšmetu apguvei pirmo sadarbības līgumu fakultāte 1998. gada 20. oktobrī noslēdza ar Latvijas Jūras medicīnas centru, kur tika atklāta MF Ķirurģijas klīnika. Līdzīgi Iīgumi tika noslēgti ar Rīgas 1. klīnisko slimnīcu, Latvijas Onkoloģijas centru u. c. ārstniecības iestādēm.

1998. gada 26. novembrī tika atklāts MF Sociālās pediatrijas centrs, kas tika izveidots sadarbībā ar profesoru Teodoru Helbrigi no Minhenes. Notika plaša sadarbība ar partneriem kā Latvijā, tā ārvalstīs. Īpaši jāatzīmē ārzemju latviešu organizāciju atsaucība dažādu dāvinājumu veidā, atsaucās arī pirmskara fakultātes absolventi.

Pētniecības jomā fakultātē galvenokārt tika pārmantotas tēmas no mācībspēku iepriekšējām darbvietām, līdz ar to arī plaša sadarbība ar daudzām zinātniskām institūcijām. Fakultātes nostiprināšanas labākais apliecinājums bija dekanāta ierīkošana un atklāšana 1999. gada 25. novembrī ēkā Šarlotes ielā 1. MF tur atradās līdz 2013. gada septembrim, kad dekanāta telpas iekārtoja LU galvenajā ēkā.

Pirmais izlaidums no tika 2000. gada ziemā LU Senāta sēžu zālē ļoti svinīgos apstākļos. Ārsta zvērestu deva pirmie četri absolventi.

Vēlāk par studentu klīniskās apmācības ziņā stabilām fakultātes mācību bāzēm bija kļuvušas labākās un ievērojamākās Rīgas ārstniecības iestādes – Paula Stradiņa klīniskā universitātes slimnīca, Rīgas 1.slimnīca u. c. Stabilizējoties un iekļaujoties gadskārtējā darbu ritmā, MF vairs nebija pati mazākā LU fakultāte. Šodien ārstniecības studijas LU jau tradicionāli ir starp populārākajām reflektantu izvēlēm, ievērojams konkurss ir ne vien par iekļūšanu budžeta grupā, bet arī par maksas studiju vietas ieguvi. Fakultātē skolo ne vien topošos ārstus, bet arī māsas, radiogrāferus, farmaceitus un zobārstus.

2019. gada februārī MF ieguva patstāvīgu mītni - tagad telpas fakultātes administrācijai un preklīniskajai izglītībai atrodas LU Akadēmiskā centra Zinātņu mājā Jelgavas ielā 1. Ēkā koncentrēti visi LU eksakto, medicīnas un dzīvības zinātņu nozaru pētniecības un studiju virzieni, tā projektēta un iekārtota mūsdienīgam studiju un pētniecības darbam.